Sejarah PT Kimia Farma Apotek dimulai hampir dua abad yang lalu yaitu tahun 1817 yang kala itu merupakan perusahaan farmasi pertama didirikan Hindia Belanda di Indonesia bernama NV Chemicalien Handle Rathkamp & Co. Kemudian pada awal kemerdekaan dinasionalisasi oleh pemerintah Republik Indonesia dan seterusnya pada tanggal 16 Agustus 1971 menjadi PT (Persero) Kimia Farma, sebuah perusahaan farmasi negara yang bergerak dalam bidang industri farmasi, distribusi, dan apotek. Sampai dengan tahun 2002, apotek merupakan salah satu kegiatan usaha PT Kimia Farma (Persero) Tbk, yang selanjutnya pada awal tahun 2003 di-spin-off menjadi PT Kimia Farma Apotek.

PT Kimia Farma Apotek menjadi anak perusahaan PT Kimia Farma (Persero) Tbk sejak tanggal 4 Januari 2003 berdasarkan akta pendirian No. 6 tahun 2003 yang dibuat di hadapan Notaris Ny. Imas Fatimah, S.H di Jakarta dan telah diubah dengan akta No.42 tanggal 22 April 2003 yang dibuat di hadapan Notaris Nila Noordjasmani Soeyasa Besar, S.H. Akta ini telah mendapat persetujuan dari Menteri Kehakiman dan Hak Asasi Manusia Republik Indonesia dengan surat keputusan No: C-09648 HT.01.01 TH 2003 tanggal 1 Mei 2003.

Pada tahun 2010 dibentuk PT Kimia Farma Diagnostika dan merupakan anak perusahaan PT Kimia Farma Apotek yang melaksanakan pengelolaan kegiatan usaha Perseroan di bidang laboratorium klinik.

Saat ini PT Kimia Farma Apotek bertrasnformasi menjadi healthcare provider company, suatu perusahaan jaringan layanan kesehatan terintegrasi dan terbesar di Indonesia, yang pada akhir tahun 2015 memiliki 725 apotek, 300 klinik dan praktek dokter bersama, 42 laboratorium klinik, dan 10 optik, dengan visi menjadi perusahaan jaringan layanan kesehatan yang terkemuka dan mampu memberikan solusi kesehatan masyarakat di Indonesia.